De manière automatisée, il suffit de dire à Ant ou est le descripteur de déploiement web.xml, les classes Java et le tour est joué :

<target name="war" depends="compile">
   <war destfile="hibernate-tutorial.war" webxml="web.xml">
       <lib dir="${librarydir}">
         <exclude name="jsdk*.jar"/>
       </lib>
       <classes dir="${targetdir}"/>
   </war>
</target>